| Abstract | Razvoj novih molekularnih tehnika, između ostalog i sveobuhvatnog genskog profiliranja
primjenom sekvencionera nove generacije unaprijedio je dijagnostiku i liječenje onkoloških
bolesnika. ESMO radna grupa za kliničku tumorsku genomiku identificirala je genske promjene
značajne kod 8 najčešćih malignih tumora a s najvišom stopom smrtnosti u svijetu, svrstavajući
nađene promjene u četiri ESCAT kategorije kojima se definira povezanost nađenih genetskih
promjena i primjene lijeka.
U ovom su istraživanju obrađeni rezultati testiranja promjenom FoundationOne testa u 76
pacijenata iz KBC-a Split s malignim tumorima različitih sijela, čiji su uzorci tkiva fiksirani u
formalinu i uklopljeni u parafin i tijekom 2020. godine poslani na analizu u Foundation
Medicine, kako bi se procijenio daljnji način liječenja bolesnika na temelju genetskih promjena
nađenih u tumorima.
Temeljem detektiranog genetskog statusa 27 pacijenata ( 35,53 %), su kandidati za odobrenu
ciljanu terapiju u bolesnikovom tipu tumora, kod 25 pacijenata (32,89 %) detektiran je genetski
status za kojeg je odobren lijek u drugom tipu tumora, dok su 24 pacijenta (31,58 %), na osnovu
genetskog profila, bez odobrenog lijeka.
Kod 4 bolesnika (5,26 %) detektirane su promjene koje su vezane za slabiji odgovor i
rezistenciju na odobrenu ciljanu terapiju.
Četiri (5,26 %) pacijenta imaju tumore koji pokazuju mikrosatelitnu nestabilnost s visokim
mutacijskim opterećenjem tumora, pet (6,58 %) ih ima tumore kojima je detektirana
mikrosatelitna stabilnost s visokim mutacijskim opterećenjem tumora, dok kod jednog (1,32 %)
pacijenta, radi neadekvatnog uzorka nije bila moguća detekcija mikrosatelitnog statusa.
Od 76 testiranih bolesnika, kod 62 (81,58 %) su uspješno detektirane genetske mutacije kao i
MS i TMB status, dok kod 14 (18,42 %), zbog neadekvatne kvalitete testiranih uzoraka nije
bilo moguće odrediti potpuni molekularni profil i to MS, TMB i LOH status kao i amplifikaciju
nekih gena, što upućuje na važnost pravilnog uzimanja uzoraka, kao i obrade i odabira najboljeg
uzorka za analizu.
Od 27 pacijenata koji imaju odobrenu ciljanu terapiju u bolesnikovom tipu tumora, 10 bolesnika
(37,04 %) ima genetske promjene koje se rutinski testiraju u Laboratoriju za molekularnu patologiju KBC-a Split, dok je mutacijski profil za 17 pacijenata (62,96 %) detektiran metodom
sveobuhvatnog genskog profiliranja.
Sveobuhvatno gensko profiliranje ima veliku znanstveno-istraživačku vrijednost, ali je za
rutinsku kliničku primjenu potrebno osigurati pristup ovakvim testiranjima za bolesnike s
metastatskim ili lokalno uznapredovalim tumorima, tumorima koji su rijetki i o čijim se
specifičnim genetskim promjenama koje bi bile osnova za specifično liječenje zna malo, kao
za bolesnike čiji rezultati rutinskih monogenskih testiranja, koja se provode u kliničkim
laboratorijima ne daju terapijski odabir. |
| Abstract (english) | The development of new molecular techniques, among other comprehensive genomic profiling
using new generation sequencing, has improved the diagnosis and treatment of oncological
patients. The ESMO working group for clinical tumor genomes identified genetic changes
significant in the 8 most common malignancies with the highest mortality rate in the world,
classifying molecular changes into four ESCAT categories which defines the association of
genetic changes and drug administration.
In this study, I analysed resultates of FoundationOne Medicine testing in 76 patients from
University Hospital Center Split with malignant tumors of different sites, and whose tissue
samples were fixed in formalin and paraffin-embedded and during 2020 sent for analysis to
FoundationOne Medicine, to evaluate further treatment of patients based on genetic changes
found in tumors.
Based on the detection of the genetic status of 27 patients (35,53 %) are candidates for
approved targeted therapy for the patient's tumor type, in 25 patients (32,89 %) genetic status
was detected for which the drug was approved in another tumor type, while 24 patients (31,58
%), based on genetic profile, had no approved drug.
Changes related to poor response and resistance to approved targeted therapy were found in 4
patients (5,26 %).
Four (5,26 %) patients have tumors that show microsatellite instability with high tumor
mutation load, five (6,58 %) have tumors that have detected microsatellite stability with high
tumor mutation load, while one (1,32 %) patient, due to an inadequate sample, microsatellite
status could not be detected.
Out of 76 tested patients, in 62 (81,58 %) genetic mutations as well as MS and TMB status were
successfully detected, while in 14 (18,42 %), due to inadequate quality of tested samples, it was
not possible to determine the complete molecular profile, like MS , TMB and LOH status as
well as amplification of some genes, which indicates the importance of proper sampling, as well
as processing and selection of the best sample for analysis. Of the 27 patients who have approved targeted therapy in the patient's tumor type, 10 patients
(37,04 %) have genetic changes that are routinely tested in the Laboratory for Molecular
Pathology of KBC Split, while the mutation profile for 17 patients (62,96 %) detected by the
method of comprehensive gene profiling.
Comprehensive genomic profiling has important scientific and research value, but for routine
clinical use it is necessary to provide access to such testing for patients with metastatic or locally
advanced tumors, rare tumors, tumors whose specific genetic changes, that would be the basis
for specific treatment, are little known, and for patients whose results of routine monogenic
testing, conducted in clinical laboratories, do not provide a therapeutic choice. |
